Для начала необходимо дать наиболее точное определение словосочетанию "каталог сайтов".
Каталог сайтов - это упорядоченный по тематической принадлежности список веб-ссылок с описанием на ресурсы в сети интернет.

В словаре слово "каталог" определяется как:
от английского web-directory
Русифицированная и систематизированная подборка веб-ссылок на интернет-ресурсы (сайты) с краткими описаниями. Каталог сайтов бывает специализированный, общий, региональный, национальный и глобальный.

Поисковая машина, создавая индекс автоматически, составляет некий список сайтов, но этот список нельзя назвать каталогом так, составление каталога сайтов, зачастую, работа ручная, главной задачей которой является классификация и аннотирование ресурсов (сайтов). В результате, в базе каталога сайтов гораздо меньше, чем в списке поисковой машины, и конечно же каталог проигрывает ей по покрытию.

Что бы использовать каталог сайтов не обязательно писать определенный поисковый запрос. По каталогу сайтов не составит труда перемещаться при помощью мышки - просто кликая по дереву категорий. Каждая категория каталога содержит сайты отсортированные различными способами: по времени создания, по алфавиту, по авторитетности, по посещаемости и по цитируемости.

Начинающие пользователи интернет зачастую не различают каталоги сайтов и поисковые машины, так как в любом каталоге есть возможность искать по запросу, единственная разница поиск по запросу в каталоге сайтов осуществляется не по всему интернету, а по описаниям конкретных ресурсов размещенных в каталоге сайтов.

Зачем используют каталоги сайтов?

Яндекс опубликовал статью относительно каталогов сайтов, в ней говориться о начинающих пользователях, которые даже и не догадываются о других способах использования каталогов сайтов, кроме как для поиска информации по запросу.
В принципе, если бы каталоги сайтов использовались только по своему прямому назначению, их количество в интернете было бы как минимум в несколько раз меньше.

Есть еще одно, так сказать "вторичное" назначение каталогов сайтов, кстати сказать, для большинства небольших каталогов оно является первичным, — это поисковая раскрутка и искусственное увеличение индекса цитирования сайтов.
Для создателей этих каталогов наиболее важным является не количество заходящих уникальных посетителей, а количество веб-мастеров и владельцев сайтов, которые посещают данный каталог сайтов с целью добавить в него веб-ссылку на свой ресурс. Ведь обмен ссылками, дает возможность повысить рейтинги ТИЦ и PR обменивающихся сайтов.

Практически любой белый каталог сайтов с прямыми ссылками требует установку ответной веб-ссылки на страницах добавляемого ресурса.
Некоторые веб-мастера на своих сайтах такие страницы с веб-ссылками превращают в линк-помойки. Другие же, более адекватные веб-мастера создают автономную страницу с ссылками, то есть не добавляют на неё ссылок на разделы своего ресурса.
Владелец каталога сайтов может одобрить или отказать в размещении такого ресурса, все зависит от условий каталога сайтов, необходимости добавляемого ресурса ну и настроения владельца каталога.

В интернете достаточно много полностью автоматических каталогов. Автоматические каталоги сайтов сами модерируют наличие обратной веб-ссылки на себя и другие параметры, все зависит от сложности скрипта добавления сайта в каталог.